La gestione del VSIX è realizzatamediante tre entità:

• Comitato Tecnico Scientifico del Centro di Calcolo dell'Ateneo di Padova (CTS)
• Comitato Operatori 
• Nucleo Operativo

Il Comitato Tecnico Scientifico del Centro di Calcolo dell'Ateneo di Padova, nei confronti del VSIX, ha il compito di:

1. fornire linee guida per l'attività di NAP-NET e supervisionare le attività svolte dal Comitato degli Operatori e dal Nucleo Operativo
2. approvare e/o modificare il regolamento tecnico del VSIX e disposizioni collegate e verificare la coerenza dei medesimi con i Principi Ispiratori, coordinandosi con il Comitato Operatori
3. determinare annualmente i canoni dovuti dai partecipanti aggiornando opportunamente le disposizioni collegate, sentito il Comitato Operatori
4. esaminare le richieste di adesione al VSIX e autorizzare la conseguente attivazione del servizio, verificando la corrispondenza delle richieste ai requisiti e alle regole di ammissione
5. dirimere eventuali controversie interne

Il Comitato Operatori è composto da un rappresentante per ciascuno degli operatori presenti nel NAP, integrato da un rappresentante del Centro di Calcolo dell'Ateneo di Padova designato dal CTS e da un Tecnico della Direzione Sistemi Informatici della Regione Veneto nell'ambito della convenzione quadro vigente tra Università degli Studi di Padova e Regione del Veneto.

Il Comitato Operatori nomina con cadenza annuale un coordinatore e si riunisce su richiesta dello stesso o di almeno un terzo dei suoi membri con una settimana di preavviso. I suoi compiti sono:

1. Auditing del servizio NAP
2. Verifica funzionale del Nucleo Operativo

Il Nucleo Operativo è la struttura tecnica operativa del Centro di Calcolo di Ateneo che mantiene il servizio NAP. Ha il compito di:

1. gestire i locali adibiti al servizio
2. operare sulle infrastrutture tecniche
3. gestire operativamente l'attivazione di nuove adesioni
4. intervenire nei casi in cui gravi malfunzionamenti o errori di configurazione su apparecchiature di un partecipante pregiudichino il buon funzionamento della rete o parte di essa
5. eseguire il monitoring ed il reporting relativo al funzionamento del NAP
6. gestire le attività di helpdesk e di segreteria per l'intera struttura